Pada tanggal 22 Maret 2021, berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 117/KMK.05/2021, Museum Nasional ditetapkan sebagai instansi pemerintah pusat dengan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK-BLU) di bawah naungan Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi.
Hingga saat ini koleksi yang dikelola berjumlah 140.000 benda, terdiri atas 7 jenis koleksi yaitu Arkeologi, Etnografi, Geografi, Keramik, Numesmatik dan Heladrik, Prasejarah, Sejarah. Museum Nasional dibangun di atas tanah seluas 26.500 meter persegi dan dibagi menjdi Gedung A dan Gedung B.
Gedung A digunakan untuk ruang pamer dan penyimpanan koleksi, sedangkan Gedung B pada digunakan untuk kantor, ruang konferensi, labolatorium, dan perpustakaan.***