Pangkat terakhir Prabowo di militer adalah Letnan Jenderal dengan jabatan terakhirnya sebagai Pangkostrad.
Prabowo dicopot dari jabatan Pangkostrad oleh Presiden ketiga RI BJ Habibie terkait situasi nasional saat itu.
Selain itu, beberapa waktu kemudian Prabowo disidang Dewan Kehormatan Perwira (DKP) karena dituduh memiliki keterkaitan dengan Operasi Mawar yang disebut bertanggung jawab di balik penculikan para aktivis.***